A bacia do Rio Jaboatão está localizada no Estado de Pernambuco, Nordeste do Brasil, abrangendo uma área de 413 km², entre as coordenadas 8°00’ e 8°14’ de latitude sul e 34°50’ e 35°15’ de longitude oeste. Drena os municípios de Recife, Jaboatão dos Guararapes, Moreno, São Lourenço da Mata, Cabo de Santo Agostinho e Vitória de Santo Antão, sendo uma das bacias mais importantes do Grande Recife.
Junto com as bacias dos rios Tejipió, Pirapama, Massangana e Jordão, ela é classificada como sendo do Grupo GL2 (Grupo de pequenos rios litorâneos) pela CPRH (Companhia Pernambucana de Recursos Hídricos). A temperatura média anual da bacia é de 24°C e a média das precipitações são sempre acima de 1500mm anuais. O clima é do tipo ams’, segundo a classificação de Köeppen. O período de chuvas desenvolve-se entre os meses de março e agosto.
O Rio Jaboatão é o rio principal da bacia, possuindo 75 Km de comprimento e desembocando no Oceano Atlântico. Sua foz encontra-se na Praia de Barra de Jangadas, em Jaboatão dos Guararapes, e sua nascente encontra-se em terras do Engenho Pacas e Arandú de Cima, em Vitória de Santo Antão. Seus principais afluentes são os rios Duas Unas, Mussaíba, Manassu, Muribequinha, Suassuna, Laranjeiras, Caiongo, Contra-açude, Carnijó, Una, Muribeca, entre outros.
A Bacia hidrográfica do Rio Jaboatão é de grande importância para a RMR, pois além de possuir expressiva área de abrangência nesta, contribui significativamente para o abastecimento da região. Para isso, possui diversas represas e açudes em seus afluentes com captação pela COMPESA, destacando-se a Represa de Duas Unas, 4° maior da RMR em atividade.
Porém, apesar de sua importância, a bacia do Rio Jaboatão vem sofrendo inúmeros impactos ambientais que vem prejudicando a fauna, flora e a qualidade da vida das pessoas da região. Entre estes impactos, destaca-se o despejo de resíduos industriais os mais diversos nos rios, os dejetos residenciais sem tratamento nos cursos d’água, o desmatamento desenfreado, o despejo de lixo e a ocupação irregular das margens fluviais, entre outros. Tudo isso contribui para que o Rio Jaboatão seja um dos rios mais poluídos e degradados do Estado de Pernambuco.