O município do Jaboatão foi criado em 24 de maio de 1873, por força da leu provincial n° 1093 de 24/05/1873. Teve seu desmembrado do município do Recife, ao qual fazia parte até então. Todavia, ao ser criado o município, foi criada apenas o "Conselho Municipal", antecedente da Câmara de vereadores. Pela legislação da época era preciso uma outra lei específica para o município passar a ter uma prefeitura.
Somente em 27 de junho de 1884 é que Jaboatão passou a ter uma prefeitura municipal, por força da lei provincial n° 1.811 de 27 de junho de 1884. Todavia, apesar da lei, Jaboatão só veio a ter seu primeiro prefeito 1892 - Dr. Nobre de Lacerda. Não dispondo ainda de sede própria, passou a funcionar numa casa alugada na Rua Barão de Morenos (atual Bernardo Vieira de Melo, por detrás da Quadra Municipal) que depois veio a ser adquirida pela municipalidade.
Como era uma simples casa, porém, a primeira prefeitura do Jaboatão não dispunha das condições adequadas para uma edilidade. Daí que em 1923, o então prefeito Arnaldo Xavier de Albuquerque constrói em um terreno na Rua Barão de Lucena um prédio apropriado para ser a sede do governo municipal. Este edifício possuía um único pavimento e imponentes cornijas detalhadas e encimadas por pinhais.
Porém ,apesar de belo e imponente, o Paço Municipal sobreviveu até o ano de 1956. O então prefeito Aníbal Varejão demoliu o edifício sobre o pretexto dele estar com a estrutura comprometida. Assim, é construído um novo prédio no lugar, com dois pavimentos, intitulado de Palácio Guararapes. A obra é do engenheiro Cândido da Mata Ribeiro.
O novo prédio funcionou como prefeitura até o ano de 1989, quando a sede municipal foi transferida para Prazeres. Depois disso, passou a funcionar como sede da administração distrital, sediando também agência bancária e agência do trabalho.
O edifício passou por várias reformas durante as várias administrações que se seguiram. Também passou por períodos de decadência e abandono. Atualmente, abriga a sede da administração regional e do batalhão de polícia. Situa-se em Jaboatão Centro, defronte à praça do metrô.